AKP, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın talimatı doğrultusunda, 26’ncı Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ hakkında suç duyurusunda bulunmuştu. AKP avukatları, İlker Başbuğ hakkında suç duyurusu dilekçesini Başsavcılığa vermişti. İlker Başbuğ'a "hakaret ve iftira" suçlamaları yöneltilmişti. Dilekçede, Mustafa Elitaş ve Bekir Bozdağ dahil 6 isim müşteki... NE OLMUŞTU? İlker Başbuğ, katıldığı bir televizyon programında, 26 Haziran 2009'da Meclis'ten geçirilen torba yasadaki "asker kişilerin özel yetkili mahkemelerde yargılanması"na ilişkin maddeyi hatırlatmış ve "26 Haziran 2009'da askeri şahısların, askeri mahalde işlediği suçlarda dahil özel yetkili mahkemelerde yargılanmasının önünü açan yasa teklifi getiriliyor. Bunu kim hazırladı? Tamamen FETÖ ile ilgili, bu araştırılsın" demişti. İlker Başbuğ'un askerlerin özel yetkili mahkemelerde yargılanmasıyla ilgili 2009'da TBMM'den geçen düzenlemeyi hazırlayanları "FETÖ'nün siyasi ayağı" için örnek göstermesi yeni bir tartışma başlatmış ve siyasetin de en önemli gündem maddelerinden birisi olmuştu. AKP'li Cumhurbaşkanı Erdoğan, Başbuğ’un açıklamaları sonrasında, AKP milletvekillerine Başbuğ’a dava açmaları çağrısında bulunmuştu.