Amasya’nın tarihi ve doğasını, Amasya Genelgesi’ni simgeleyen üniversitenin logosu değiştiriliyor. ‘A’ ve ‘Ü’ harflerinden oluşan yeni logodaki ‘A’ harfi Menzil tarikatının kullandığı simgeyi çağrıştırırken kubbeyi andırması dikkat çekiyor. Üniversitenin kurucu rektörü Prof. Dr. Zafer Eren logonun değiştirilmesine tepki gösterirken “2007 yılında Amasya’yı, kentin kültürel, doğal yapısını temsil eden bir logo olarak çizdirdik. Üniversitenin mevcut logosu Cumhuriyetin doğum belgesi olan Amasya Genelgesi’nin altı maddesini, kral kaya mezarlarını, Amasya’nın içinden geçen Yeşilırmak’ı, şehzadeleri temsil ediyor. Yapılmak istenen yeni logoda A ve Ü harfi var sadece. Amasya ve Amasya Üniversitesi ile bütünleşmiş bu logonun değiştirilmesi ne anlam ifade ediyor siz düşünün” dedi. Cumhuriyet’ten Mehmet Menekşe’nin haberine göre; Atatürkçü Düşünce Derneği (ADD) eski Amasya Şube Başkanı Yaşar Kara da bu değişimin basit bir logo değişimi olmadığını ifade ederek “Bu yapılmak istenen üniversiteyi birtakım cemaatlere, bilim dışı yapılanmalara yakınlaştırma girişiminin işaret fişeğidir” diye konuştu. Rektör Elmacı yeni çizilen üniversite logosunu üniversitenin sitesine koyarak üniversite personelinden şifresini girerek e-posta adresiyle logoyu 1 ile 5 arasında puan verip oylamalarını istedi.