Kanal İstanbul'a yönelik hazırlanan ÇED Raporu'nu mercek altına alan TÜBİTAK, raporun bilimsel olmadığını ortaya koydu. TÜBİTAK tarafından yapılan incelemede, "Bilimsel temele dayalı çevresel etkileri ve bunların azaltılmasına yönelik detaylı planlama yapılmamıştır” denildi. Başta AKP'li Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan olmak üzere AKP kurmaylarının Kanal İstanbul projesini savunmak için kaynak gösterdiği ÇED Raporu’nun bilimsel olmadığı ortaya çıktı. TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi’nde (MAM) görevli altı bilim insanı tarafından ÇED raporu için hazırlanan raporda doğal dengenin bozulabileceği, denize ve ekosisteme zarar verebileceği ifade edildi. Rapordan öne çıkan bazı tespitler şöyle: “Tarama ve döküm faaliyetinin çevresel etkilerini önlemeyle ilgili bilgiler yetersiz ve bilimsel temele dayanmıyor. Deniz ve göl tabanından çıkarılacak 90 milyon m3 malzeme deniz dolgusu ve denize boşaltma seçeneklerinin nasıl uygulanacağı konusunda, yeterli ayrıntı ve bilimsel temele dayalı çevresel etkileri ve bunların azaltılmasına yönelik detaylı planlama yapılmamıştır. Marmara Denizi’ne boşaltılacak malzemenin çamur ve organik karbon değeri çok yüksek. Reaktif organik madde ve insan kaynaklı organik, metal kirleticilerin denize ve deniz ekosistemine zarar verme riski var. Karada bertaraf edilmesi gereken atıklar, ÇED raporuna göre denize doldurulmak istenmektedir.”