Osmanlı’da tarihi eser toplama merakının izleri Fatih Sultan Mehmet dönemine kadar uzanır ancak müzeciliğin kurumsal olarak ortaya çıkışı İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin 1869 yılında ‘Müze-i Hümayun’ yani İmparatorluk Müzesi olarak kuruluşuna denk gelir. Aya İrini Kilisesi’nde o güne değin toplanmış arkeolojik eserlerden oluşan Müze-I Humayun, İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin temelini oluşturur. Aya İrini’nin yetersiz kalması ile Fatih Sultan Mehmet döneminde yaptırılmış olan ‘Çinili Köşk’ müzeye dönüştürülmüştür. Halen İstanbul Arkeoloji Müzeleri’ne bağlı olan Çinili Köşk restore edilerek 1880 yılında ziyarete açılır. 1881 yılında Osman Hamdi Bey’in müze müdürlüğüne atanması ile birlikte Türk müzeciliğinde yeni bir çığır açılır. Osman Hamdi Bey Nemrud Dağı, Myrina, Kyme ve diğer Aiolis Bölgesi Kentleri Nekropollerinde ve Lagina Hekate Tapınağı'nda kazılar yapmış, 1887-1888 yılları arasında Sayda'da (Sidon) yaptığı kazılar sonucunda Sidon Kral Nekropolü'ne ulaşmış ve dünyaca ünlü İskender Lahdi başta olmak üzere pek çok lahit ile İstanbul'a dönmüştür. İstanbul Arkeoloji Müzeleri kompleksi içerisinde en eski yapı (Miladi 1472) Çinili Köşk'tür. Şu anda Türk çini ve seramik örneklerinin sergilendiği Çinili Köşk Müzesi, İstanbul'daki Osmanlı dönemi sivil mimari örneklerinin en eskilerindendir. Eski Şark Eserleri Müzesi olarak kullanılan bina, Osman Hamdi Bey tarafından 1883 yılında Sanayi-i Nefise Mektebi yani Güzel Sanatlar Akademisi olarak inşa ettirilmiştir. Binanın mimarı daha sonra İstanbul Arkeoloji Müzeleri Klasik binasını inşa edecek olan Alexander Vallaury'dir. 1917 yılında akademinin Cağaloğlu'na taşınması üzerine bu bina müzeler müdürlüğüne tahsis edilmiştir. Arkeoloji Müzesi ise dönemi için, dünyada müze binası olarak inşa edilmiş ender yapılardan biri olma özelliği ile göze çarpar. İstanbul'daki Neo-Klasik mimarinin en güzel ve görkemli örneklerinden biridir. Alınlık üzerinde bulunan Osmanlıca yazıda 'Asar-ı Atika Müzesi' (Eski Eserler Müzesi) yazmaktadır. Yazının üzerinde bulunan tuğra, Sultan Il. Abdülhamid' e aittir. 1887 ve 1888 yılları arasında Osman Hamdi Bey tarafından yapılan Sidon Kral Nekropolü Kazısı'ndan İstanbul'a getirilen, aralarında İskender Lahdı, Ağlayan Kadınlar Lahdi, Likya Lahdi, Tabnit Lahdi gibi ihtişamlı eserlerin sergilenebilmesi için yeni bir müze binasına ihtiyaç duyulmuş, Çinili Köşk'ün karşısına dönemin ünlü mimarı Alexandre Vallaury tarafından inşa edilen İstanbul Arkeoloji Müzeleri klasik bina 13 Haziran 1891'de ziyarete açılmıştır. İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü binalarındaki alt katta yer alan, 1, 16, 17, 18, 19, 20 numaralı salonlar ve üst kattaki salonların tamamının; Ek Bina zemin katta ''Assos Sergi Salonu'' ve ''İstanbul'un Çevre Kültürleri: Trakya, Bithynia - Bizans'' sergi salonları ziyarete kapalıdır.