Atatürkçü Düşünce Derneği genel merkezi tarafından yapılan açıklamada 28 Şubat davasının FETÖ tarafından başlatıldığını vurgulanarak "FETÖ firarisi bir savcının düzmece iddianamesine dayalı bir yargılama sonucu yıllarını Ordumuza, Ulusumuzun güvenlik ve esenliğine adamış şerefli komutanlarımız yaklaşık 1 yıldır zindanda ölümle pençeleşiyor" denildi. 28 Şubat'ta MGK kararlarınının uygulandığı, hukuk dışı bir durumun olmadığı ifade edilen açıklamada şöyle denildi: Komutanlarımız; Ahmet Çörekçi, Aydan Erol, Cevat Temel Özkaynak, Çetin Doğan, Çetin Saner, Çevik Bir (hastalığı nedeniyle tahliye edildi), Erol Özkasnak, Fevzi Türkeri, Hakkı Kılınç, İdris Koralp, İlhan Kılıç, Kenan Deniz, Vural Avar ve Yıldırım Türker Anayasal bir kurum olan MGK’nın 28 Şubat 1997 bildirisi -ki dönemin Başbakanı ve kurul üyesi bakanları da imzalamışlardır- ile olay tarihinde yürürlükte bulunan 765 sayılı Türk Ceza Kanunu'nun 147. maddesindeki “Türkiye Cumhuriyeti icra vekilleri heyetini cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etmek" -yani darbe yapmak- ile suçlanmış ve müebbet hapis cezasına çarptırılmışlardır. Oysa, MGK kararları tavsiye niteliğindedir ve hükümet tarafından uygulanır. Bazen de uygulanmaz. Nitekim aynı MGK’nın 2004 kararlarının -siyasi sorumluluğu dönemin başbakanı tarafından alınarak- uygulanmadığı bilinmektedir. Yani isteseydi 54. Hükümet de uygulamayabilirdi. Hal bu iken; kararları uygulayan hükümetin değil de, tavsiye eden kurulun sadece asker üyelerinin çeyrek asır sonra “darbe yaptılar” denilip mahkum edilmelerinin hukukî bir karar olarak görülemeyeceği ortadadır. Bu karar, kamu vicdanını ağır biçimde yaralamıştır. Atatürkçü Düşünce Derneği; bu haksız kararın kaldırılarak komutanlarımızın derhal serbest bırakılması talebini kamuoyu ile paylaşmayı görevi saymaktadır.